Pathway Tools 为查询、可视化、分析和 BioCyc 数据库集合的整理提供了一套强大且全面的功能。Pathway Tools 结合了来自人工智能的表示和推理技术，以便从基因组中提取其他信息，并将该信息编码在一个复杂的本体内。Pathway Tools 可用于通过 SRI 获得的 BioCyc PGDB 集合以及本地创建的 PGDB，例如那些用于专有基因组的 PGDB。它还可以用于第三方创建的 1,700 多个 PGDB，包括 SRI 的 Pathway/基因组数据库注册表中列出的那些 PGDB：http://biocyc.org/registry.html。
到目前为止，SRI 已向 3,000 多个学术和行业团体授权了 Pathway Tools。
StructureLab 是一种计算系统，它的开发是为了允许使用广泛的方法来分析 RNA 结构。开发目标是提供一套丰富的工具，这些工具可以与实验生物学很好地集成在一起，以帮助确定 RNA 序列的底层结构。
采取的方法是将结构确定问题视为处理一个由许多计算生成结构组成的数据库的问题，并提供从不同角度分析此数据集的能力。很多算法都被集成到一个系统中，该系统还利用了一种异构计算方法，允许使用几种计算机架构来帮助解决所提出的问题。借助不同的计算平台，便可以很容易地纳入当前现有的程序以及新开发的算法，并将这些算法与合适的硬件相匹配。